mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATTGCACTTGTCCCGGCCTTT AGGTCAGGATTGGTGGCAATGCT CACATATTGTGCCCTGTCAGACAGGTCAGGATTGGTGGCAATGCTTATAAACGTGTCAGTATTGCACTTGTCCCGGCCTTTCTGATTGGTTAAAAGTCTGC 3 1 3' arm Branchiostoma_floridae mirbase mir-92 1e-37 bfl-mir-92a-2 0.00002 -38.6 ..((.(((..(((..((((((.(((((.((((.((((.(((((((.(((....))).))))))))))).)))).))))).)))))).)))....))).)). (-38.60)