mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTGAGACCCTAACTTGTGA ACAGGTTAGGATCTTGGGAGC ATCTGTTGGTGTGTTCCCCATTCCCTGAGACCCTAACTTGTGATGTCCATGGCTCACAGGTTAGGATCTTGGGAGCTGGGTGACATACGCCCTCCACTTCA 1 1 5' arm Branchiostoma_floridae mirbase lin-4 7e-30 bfl-mir-125b 3e-41 -48 .......((((((((((((((((((.((((.((((((((((((.((.....)))))))))))))).))))))))).)))).)).))))))).......... (-48.00)