mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACAAGTTAGGGTCTCAGGGA CCAAGATCCTAACCTGTGAGC GTGGAGGGCGTATGTCACCCAGCTCCCAAGATCCTAACCTGTGAGCCATGGACATCACAAGTTAGGGTCTCAGGGAATGGGG 2 1 3' arm Branchiostoma_floridae mirbase lin-4 6e-30 bfl-mir-125a 2e-41 -36.2 ......(((....))).((((..((((.((((((((((.(((((.(....)...))))).))))))))))..)))).)))). (-36.20)