mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGTCCCCTTCAACCAGCTGTA AAGCTGGTACATTGGAACCAAA AGTATCAGGGATGCTGTGCTAAAGCTGGTACATTGGAACCAAATCAACTCCTCAATGGATTTGGTCCCCTTCAACCAGCTGTAGCATTGCACTTTTCAAGC 7 0 3' arm Branchiostoma_floridae mirbase mir-133 2e-21 xtr-mir-133a 2e-26 -36.4 .......(..((((.((((((.(((((((.....((.((((((((............)))))))).)).....))))))).)))))).)))..)..).... (-36.40)