mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGGCTTTCATCCTATGTGAA CACATTGGTGGAAGTCAAAGA GTGTTCTATGGCTTTCATCCTATGTGAATGTTATCGCACATGTTCACATTGGTGGAAGTCAAAGAAGACGTGTGTGGAAACT 2 1 5' arm Branchiostoma_floridae mirbase 100 bfl-mir-135a-2 2e-41 -31.6 ((.((((.(((((((((((..((((((((((........)))))))))).))))))))))).)))).))......(....). (-31.60)