mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAATACTGCCTGGTAATGATGC ATCTTACTTGGCAGCATTCGA GACATGTTAGCTTGATTCCTGACATCTTACTTGGCAGCATTCGATGTGTTTCCATATTCAAATACTGCCTGGTAATGATGCCAGTCAAGTTTCCTCACAGT 4 1 3' arm Branchiostoma_floridae mirbase mir-8 2e-36 pma-mir-200b 0.00008 -31.6 .....(..(((((((...(((.(((((((((.(((((.(((.((((((....))))))..))).))))).))))).)))).))))))))))..)....... (-31.60)