mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAACACTGTCTGGTAATGATG TCTTACCTGGCAGGTTTAGA ATCTAACATGGCGGAGTTGTGTCATCTTACCTGGCAGGTTTAGATGGTTCTGGGATCTAACACTGTCTGGTAATGATGACGGGACTCCGCACATA 3 1 3' arm Branchiostoma_floridae mirbase mir-8 5e-34 cin-mir-141 0.00007 -47.4 .......(((((((((((.((((((((((((.(((((..((((((.........))))))..))))).))))).))))))).)))))))).))). (-47.40)