mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTGTTACACCGCGCCGCAAAAG TATGCGGTGCGGTGGTAGCAACCG TCCGCAGGTTGAATATGCGGTGCGGTGGTAGCAACCGTCCCGACGTAAAGTCGATTGTTACACCGCGCCGCAAAAGTTGAC 5 1 3' arm Branchiostoma_floridae mirbase 100 100 -34.6 .......((..(...((((((((((((.((((((......((((.....)))).))))))))))))))))))....)..)) (-34.60)