mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GATGTTTGTACTGTCTGTCTGTT CAGACAACAGCACAGACATTTGT GATTGACAGGTGTGAGCGATGTTTGTACTGTCTGTCTGTTCACAGCACCACAACAGACAACAGCACAGACATTTGTTCACGCCTGTTGTG 1 2 5' arm Branchiostoma_floridae mirbase 100 100 -45.5 ....((((((((((((((((((((((.((((.((((((((...........)))))))))))).))))))).)))))))))))))))... (-45.50)