mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATCGACCCTGGCACTGGGAATTTT AACCTTCCTAGCGCCACGAGTTGATTG TGAGCTTTTTAACCTTCCTAGCGCCACGAGTTGATTGTAAAGTCTACATATAATCGACCCTGGCACTGGGAATTTTAAAGGTCT 4 3 3' arm Branchiostoma_floridae mirbase 100 100 -30.8 .((.((((..((..(((((((.((((.(.((((((((((.........))))))))))).)))).)))))))))..)))).)). (-30.80)