mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCCAATTGATAGCTGCCAAT TGGTGACTACCCATTGGTGGCT TGGCCACTGATTGGTGACTACCCATTGGTGGCTTCCAATAGGTGGCTTCCGATTGGTGGTTGCCAATTGATAGCTGCCAATCAGTG 6 0 3' arm Branchiostoma_floridae mirbase 100 bfl-mir-4897b 9e-35 -42.5 ....(((((((((((..(((.(.(((((..(((.(((((.((......)).))))).)))..))))).).)))..))))))))))) (-42.50)