mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGCTGCCAGTTGAAGAACTGT AGTTCTTCAGTGGCAAGCTTTA GCTCCTGGCTGCCCGGCAGCAGTTCTTCAGTGGCAAGCTTTATGTCCTTCTCTAGTAGCTAAAGCTGCCAGTTGAAGAACTGTTGAATGTAGCCACGTTC 0 2 3' arm Gallus_gallus mirbase mir-22 1e-43 dre-mir-22a 9e-20 -46.1 .....(((((((....(((((((((((((((((((.((((((.((.((.....))..))))))))))))).))))))))))))))...)))))))..... (-46.10)