mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCACCATTTGAAATCAGTGTT GCTGGTTTCATATGGTGGTTTAGA CCTCAGGAAGCTGGTTTCATATGGTGGTTTAGATTTAACTATTCATTGTCTAGCACCATTTGAAATCAGTGTTCTTGGAGG 1 3 3' arm Gallus_gallus mirbase mir-29 2e-33 tgu-mir-29b-1 8e-35 -32.62 (((((((((((((((((((.((((((..((((((.............)))))))))))).)))))))))).))))).)))) (-32.62)