mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGCAAGATGTTGGCATAGCTG TGCTATGCCAACATATTGTCATC TTCTTTCATGCAGAGCTGGAGGGGAGGCAAGATGTTGGCATAGCTGTTAACCTAAAAACCTGCTATGCCAACATATTGTCATCTTTCCTGTCTG 3 0 5' arm Gallus_gallus mirbase mir-31 3e-38 tgu-mir-31 4e-37 -41.3 ..........((((.(.((((((..(((((.(((((((((((((.(((........)))..))))))))))))).)))))..)))))).))))) (-41.30)