mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAAGGCACGCGGTGAATGCCA CGTGTTCACAGCGGACCTTGATT CCGAGCCTCTCTCTGCGTGTTCACAGCGGACCTTGATTTAATGTCCATACAATTAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGAGGAGCCTCACAGCTTCATT 4 1 3' arm Gallus_gallus mirbase mir-124 1e-28 tgu-mir-124-3 5e-40 -37.9 ..((((..(((((((.((((((((.(((..((((((((............))))))))..))).))))))))).))))))..).)))........... (-37.90)