mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTAGGGATGGAAGCCATGAAA TTATGGCTTTTTATTCCTATGTG TTATGGCTTTTTATTCCTATGTGATAGTAATAAAGTCTCATGTAGGGATGGAAGCCATGAAA 2 1 3' arm Canis_familiaris mirbase mir-135 3e-28 gga-mir-135a-2 1e-29 -25.7 (((((((((((.((((((((((((.(.(.....).).))))))))))))))))))))))).. (-25.70)