mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCTTCCCAACACCTCCCATAC ATGGGAGTATTGGGCAGTAT GGAGTCGTAGGTATGGGAGTATTGGGCAGTATTATGACCTTTGCTAAATCAAAGGGGCAATTCTTCCCAACACCTCCCATACCCTTGGTTT CGGGGAACAGTCAGTCATCTGATACGTGAGAGAGAGGGGTAGAGACTGATCTGGGAAGTTTTTGGACATGGGTGGATCGGCAAAACACTCTTTTGTAATCATCAATTCCTTTTCTTTGCCGGCTCCGCCCATTCCAAACATTTCCTCTGCCTCTCTCTATCCCTTGTTTCTCTCACATATGAAAAATTCTTTAAATATTTTTGAGTGGAAAAGTGAAAGGAGTGAGAGGGAAAGGCAGAGAGTGGTGTTGGGAGTCGTAGGTATGGGAGTATTGGGCAGTATTATGACCTTTGCTAAATCAAAGGGGCAATTCTTCCCAACACCTCCCATACCCTTGGTTTCTAACCGTTGCTCCCCTTCCCTACTTGTCCTGTCTTGGGTTTCTGCTAACTTCCCCACTTTGATTCAGGTTGGTTTTCATCCTTTTATATTTGTGATTATGATTTTCCTCTATAGTTCTTATCATTATTTGGCTCTCCCTTTCCGAAAACTTTTTTGTTTTACGAGATTCATTGTCCTTGCCATGGTCTTCGATGTCGTTGTGATTTTTAAATAATAGCAGTGCTGGAGTTTTCCAGCGTTGTGGAAGCTATTATCAAG 3 1 3' arm Theobroma_cacao mirnest 100 ghr-MIR2948 0.000000000001 -30.7 ....(((..(((((((((((.(((((.((.((..((.((((((......))))))..)))).)).))))).).))))))))))..)))... (-30.7)