mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTCTTCTTCTTCTTCCATG TGAAAGATGATTTGAAAGCA CCTTTAATCCCAATTCATCCTTTTTCTTCTTCTTCTTCCATGGCTACTTGTATTGATTCTTCATCCCCTCCTATTTCTCGTAAACCTAATGTTTCTCATCATCAACCTGATGATTGTTCATTCAACTTTGCCAAATTCTGTCGACCCACTTTTTCTGATCATGTTTCCTCTGTACCCATTTCAATTAATCATGAAAAAACCTTACAAACAAAAACCATTGTAGATGATTTTCAACATCTTCATGTTAATGATGATGTTAAGAATGATGTTGAAAATGATGTTGGTGTTGGTGTTATTGATGATGTTGAGGTTGATTTGTGGTTGAAGATTCAAGAAGAAGCAAGGTTAGATTTAGATAAAGAACCAATTTTATCTAGCTATTATTTCAGCTCAATTTTATCTCACAAATCATTAGAAAGTGCTTTATGTAATCAACTTTCAATTCATTTGAGTAATTTGAGTCTTTCTAGCACAACCCTTTTTGAACTTTTCATGAGTATTTTGAATAATGATGAAGATATTATAAGTGCTATGAAAGATGATTTGAAAGCAGTGAAAGAAAGAGACCCT GTTTCAACCTTTAATCCCAATTCATCCTTTTTCTTCTTCTTCTTCCATGGCTACTTGTATTGATTCTTCATCCCCTCCTATTTCTCGTAAACCTAATGTTTCTCATCATCAACCTGATGATTGTTCATTCAACTTTGCCAAATTCTGTCGACCCACTTTTTCTGATCATGTTTCCTCTGTACCCATTTCAATTAATCATGAAAAAACCTTACAAACAAAAACCATTGTAGATGATTTTCAACATCTTCATGTTAATGATGATGTTAAGAATGATGTTGAAAATGATGTTGGTGTTGGTGTTATTGATGATGTTGAGGTTGATTTGTGGTTGAAGATTCAAGAAGAAGCAAGGTTAGATTTAGATAAAGAACCAATTTTATCTAGCTATTATTTCAGCTCAATTTTATCTCACAAATCATTAGAAAGTGCTTTATGTAATCAACTTTCAATTCATTTGAGTAATTTGAGTCTTTCTAGCACAACCCTTTTTGAACTTTTCATGAGTATTTTGAATAATGATGAAGATATTATAAGTGCTATGAAAGATGATTTGAAAGCAGTGAAAGAAAGAGACCCTGCTT 5 1 5' arm Trifolium_pratense mirnest 100 100 -107.3 .............(((((...(((((....((.((((.((((((.(((((((.....((((((((...........(((((((((.....))))...(((((((...))))))).(((((.((((((((((....((((.((((((.((.......(((((.....((((...((.....(((((....(((.((...(((..((..((((......))))..((.(((((((((((((((...(((((......)))))))).)))))))))))).)))).))).)).)))..)))))....)).)))).))))).)))))))).......))))...)))))))).))..(((((((((......)))))))))((((........((((((.((...((((..(((.(((.((((((..............)))))))))..))))))).)).)))))).....))))..((.....))))))).....))))).............))))))))...))))))))))))).)))).))...)))))..)))))............. (-107.3)