mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCAGCAGCAGCATCATCAAC TGATTGTGCTGCTTCTGCTAC TCAGACTTAGCAGCAGCAGCAGCATCATCAACTTTGGGCTGATCTGGTTTGGAAGCTGGTGGAGTATCACCCTCATATTTATGCAGATAATCAGCAGCCTTATCAACATACTGTCCTAATCCCTTCTGATCATCCAATTTAGCATACTGACCAACTGCATCTAGAAGATCACCTGCAGCCTCTGCTGTCTTGTCTTTGTCAACATCTTTCCCGAAACCTGATTGTGCTGCTTCTGCTACAATCTTTG TTTTTTCTACATAAAATTCACAACATGTATATAGCATCTGAATTGGGAATAAAAACATGAACAAACAGGGGCATGAGATCTTGGTTCAAAAGTGGACAACACAACTCTGCTACGGTGCAATACATATCCATCATCACACAATACTACATCATACATATCCTATCCTATATTCATTATAAGATAAGATAAAAACAATACATAAAGTGATAATAATCAAGACACAATTAACAAGCTAAAGCCAAATCAGTTAATAATTTTCATTTAAAGAAACCTCCAGCAACCTTGGCAAAATCTCCACCTAGTCCACCACCTGACCCTCCATCTTCAGACTTAGCAGCAGCAGCAGCATCATCAACTTTGGGCTGATCTGGTTTGGAAGCTGGTGGAGTATCACCCTCATATTTATGCAGATAATCAGCAGCCTTATCAACATACTGTCCTAATCCCTTCTGATCATCCAATTTAGCATACTGACCAACTGCATCTAGAAGATCACCTGCAGCCTCTGCTGTCTTGTCTTTGTCAACATCTTTCCCGAAACCTGATTGTGCTGCTTCTGCTACAATCTTTGCACTTGC 4 0 5' arm Trifolium_pratense mirnest mir-598 0.001 100 -52.5 ...........(((((.((((((((.((((..((((((..(((.(((((.....((((.((((.((((.....(((....)))..))))(((((.((........(((...)))........)).)))))..))))...)))).....)))))..((((...(((((((.....((((...)))).))))..))).)).))..)))...))))))...)))).)))))))).))))).......... (-52.5)