mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTACTTCCTCCGTTCCTAAA TTGGAACGGAGGGAGTACATA GTTTGGAACGGAGGGAGTACATATTTGCTATGATCTGTCAATCATTGAGATGCAATAGCATGCATGTTAGTCTCCTTTGTATTTGATGAAATGTTGCAACGGGCAACCTTGGACGCAAGATACATGTAACAGAAGCTGGAAGCTTCATAGCCTTGTAAAAATATATCTCGCTGATAAATTACAGTACGTACTATACTAGTACTTCCTCCGTTCCTAAAAAAAAAAAA GTTTGGAACGGAGGGAGTACATATTTGCTATGATCTGTCAATCATTGAGATGCAATAGCATGCATGTTAGTCTCCTTTGTATTTGATGAAATGTTGCAACGGGCAACCTTGGACGCAAGATACATGTAACAGAAGCTGGAAGCTTCATAGCCTTGTAAAAATATATCTCGCTGATAAATTACAGTACGTACTATACTAGTACTTCCTCCGTTCCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCGAG 5 0 3' arm Triticum_turgidum_subsp._durum mirnest 100 tae-MIR1137 0.0007 -61.5 ....((((((((((((((((.....((.((((..((((..((((.(((((((.....(((.(((((..(((.(((...((.((((.((..(((((((.....)))..((((....))))..)))).)).)))).)).))).))).))).))..))).......))))))).)))).....))))..)))).)).....))))))))))))))))............. (-61.5)