mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTGGTTCTACCCTATGGTAG ACCACAGGGTAGAACCACGGA TGTGTCTCTCTCTGTGTCCTGCCAGTGGTTCTACCCTATGGTAGGTTACGTCATGCTGTTCTACCACAGGGTAGAACCACGGACAGGATACCGGGGCACC 2 0 5' arm Macaca_nemestrina mirbase mir-140 1e-37 mml-mir-140 1e-49 -57.6 .(((((((.....((((((((((.(((((((((((((.(((((((..(((......)))))))))).))))))))))))))).)))))))).))))))). (-57.60)