mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACATTCAACGCTGTCGGTGAGT CATCGACCGTTGATTGTACC TGAGTTTTGAGGTTGCTTCAGTGAACATTCAACGCTGTCGGTGAGTTTGGAATTAAAATCAAAACCATCGACCGTTGATTGTACCCTATGGCTAACCATCATCTACTCCA 2 3 5' arm Macaca_nemestrina mirbase mir-181 3e-29 lla-mir-181a-1 6e-58 -38.3 .((((..((((((((((..((.(.(((.((((((..(((((((.((((.((.......)).))))))))))))))))).))).).))..))).)))).)))...)))).. (-38.30)