mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACATTCAACGCTGTCGGTGAGT CACTGACCGTTGACTGTACC AGAAGGGCTATCAGGCCAGCCTTCAGAGGACTCCAAGGAACATTCAACGCTGTCGGTGAGTTTGGGATTTGAAAAAACCACTGACCGTTGACTGTACCTCGGGGTCCCCA 2 3 5' arm Macaca_nemestrina mirbase mir-181 5e-28 mml-mir-181a-2 4e-56 -47.7 .((((((((....)))...))))).(.(((((((.(((.(((.((((((..(((((((.((((...........))))))))))))))))).))).))).))))))).). (-47.70)