mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCCAGTGTTCAGACTACCTGTTC ACAGTAGTCTGCACATTGGTTA AGGAAGCTTCTGGAGATCCTGCTCCGTCGCCCCAGTGTTCAGACTACCTGTTCAGGACAATGCCGTTGTACAGTAGTCTGCACATTGGTTAGACTGGGCAAGGGAGAGCA 4 1 5' arm Macaca_nemestrina mirbase mir-199 1e-44 sla-mir-199a 6e-58 -43.2 .....(((.((.....((((((((.(((...(((((((.((((((((.(((...((......)).....))))))))))).)))))))...))).)))).))))))))). (-43.20)