mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCAGCAGCAGCAGCTGCAG GCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA TCATGCCGTGCCCATGGCCGTGTAACTGCCTGGGATTCTGGCCGCGTGCTCTGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTGCAGCAGCAGCAGCTGCAGCCCCCTGCCTTTGCGACTGTGGTTGTTGTGTCTGTGGTAGTGGTTGCGGCGCCCAGGGC AGCAGCAGCAGCAGCAGCACCGCCCGGTCCGCCGTCCACAAACACCTCCCGCAAGTTGATGCTCACCTCCGGCCGCGAACCCGCCGCCAGTGTACGACAGGCTTCTTTGGATGCCAAGTACGACAGACTCTGAAGGTGCAGGGTCTCCGCCGAGGTGTGGCGGGGTACTCCCGGACCTAACCCCCCCGATTGACATTGCGAGGCTGCTGCGGCTGAGAGGGCTGACTGCGGCGGATTATTATTGCTGCTGTTATTACTGTTCTTGCTGGCCCCCACTCCTCCATTGGCATTGGGGTGGGGATGCGGGTGGGGATGCCGGGTGTGGTTGTTGTGGGGGTGCTGGGAATGGGGTGGGTGGGGGCTGGATCTGGACGGCTGGCGTGACAGCTTTGGATTTCCACTTTGTACGGCATGGTTCATGCCGTGCCCATGGCCGTGTAACTGCCTGGGATTCTGGCCGCGTGCTCTGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTGCAGCAGCAGCAGCTGCAGCCCCCTGCCTTTGCGACTGTGGTTGTTGTGTCTGTGGTAGTGGTTGCGGCGCCCAGGGCGGTGTGCCTGAGCCGCCCTCGGCCATGATCTGGTGCATCCAGCCCGCGGGGTTCCCGCTGCTGAAGGCGGACTCCACAACGCTCAGTTGCGCCACAGCCTCATGGCGGTCGTGCAGCTTCTTGATGACGGTGGGATTAGGCCGTGC 5 0 3' arm Volvox_carteri mirnest 100 100 -71.7 .........((((...((((((..((((((..((((..(((((((.(((...(((((..((.(((((.((.((.((.(((((....))))).)).)).)).))))).))...)))))...)))...)))))))....))))..))))))...)))))).....)))) (-71.7)