mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTAGATTCACGCACAAACTCG AGTTTGTGCGCGAATCTAATC GCTCGGTGACGGAAAGGACGAGGCATATTTCAAGTTTGTGCGCGAATCTAATCCAAAAAAACTCATCACTGAAACAGGCTTCTTGCCGTTCCCCTTTGATTTACTAATCAAATGCACTGCTTCATGGCGGGTGTGTGCTAGATTCACGCACAAACTCGTAATCTGTCTTCGTCTGTTCTCTTCTTTC CGGGAAAGGACGGGGGATTCGGCCATTACGGCCGGGGCTGTTCCAGAATTTGGGCTCGGTGACGGAAAGGACGAGGCATATTTCAAGTTTGTGCGCGAATCTAATCCAAAAAAACTCATCACTGAAACAGGCTTCTTGCCGTTCCCCTTTGATTTACTAATCAAATGCACTGCTTCATGGCGGGTGTGTGCTAGATTCACGCACAAACTCGTAATCTGTCTTCGTCTGTTCTCTTCTTTCTTCCACTTTTGTTTTTCAGTTAAACCTTGGAGATAAATCGTGGATTATGAAGAAATCTGGACGGAATGTTGATGAACTGAGAACTAGCCGTGAAGCTTGCCTATGCAGCTTCGCGATTTCGATTTGGTACACTCTATTCAAATTTATTCCTTCGTTTTCTTAATTTATTAGCAGGGGACTAGGCGTTGATTGATTAAACAGGAGCTGAAAATTAGATTTTTTAAAGGTTATACTTTTTAATTATTCCATGATCATTGGGTATTGGATTGCAAAATGAATTGGATGATTAATTTATTGGAAGCATGGCGCAGAGGTAATTCTGCAGAATTTTATTTGCTTAAGTAAGCTTGTGAATTGTGGAAATCATGGCAGATATATTTGTTTAAATCTTACTCCTAGATAGTTCTGTAATGGATGGTAGGAGACAAAACGAAGGGAAGATGAGTCCGGTGTGGTAATAAAATATGAACAGGGAGAAATAGATTATAAAATAAGAATTTTGCTTTGAAGTCCACATTTAGATTGCAGTGGATTGCTCTTAGTTGAACAGAGTGATGAAAAACTATAAAGGCTGTTTCTGTTGAATAAATTTGTATGTTTTTTTATGTTTCCTGTTGTGGTAGTCTTATTAACTAATTTGTTTAAAAATGAAGCTGATAAGTATTGAATCTAATTTATAAAAATTTTACCTATTATTAGGTTGATGAGTGTTGAACCTAATTTATAAGAACCTCAGAATTCAAAAGTATCGGCAGAGGACCAAGAAATTACTCGACCCGTAGATCTGTAACAGTCACAATAGTATTGCTGAACTGCTTGACATGATACTTCCTTTGGTATTTTAAAGTGTATTTTTACGTGAACCACTGGTGTACGTTCTTACGAGAACCAACTCTTGGTTAT 4 0 3' arm Carica_papaya mirnest MIR403 2e-65 tcc-MIR403a 0.0000000002 -51.5 .......((.((((.((((((((((.(((...((((((((((.(((((((...((.....((((.(((.((((.(((((...............(((((((....))))))).)).))).))))))).))))...)).))))))).))))))))))...))).)).)))))))).)))).))..... (-51.5)