mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAGCCAAGGATGACTTGCCGA GGCAAGTTGTCTTTGGCTACA ATTAATGCATTTCCATGTAGAAAGTAGTGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGACTGTTTTGCCGAGCGCGGAAATAAAATGCAGCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTGTATATTTGCCGCCGTACGTATTTATACGAACTCCTCGGCAAGTTGTCTTTGGCTACATCCTACTTCCTTCATCTCTTTTAATTAG TAGTGGATCCAAAGAATTCGGCACGAGGCTACAGTGAATTATTCCTTCATTTCCTTCTTCCTCTTAATTCTACGTTGCCATGGCAGAAGCAGCAGCATTTAATTAATTAATGCATTTCCATGTAGAAAGTAGTGTGCAGCCAAGGATGACTTGCCGACTGTTTTGCCGAGCGCGGAAATAAAATGCAGCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTGTATATTTGCCGCCGTACGTATTTATACGAACTCCTCGGCAAGTTGTCTTTGGCTACATCCTACTTCCTTCATCTCTTTTAATTAGGCTTTCGGCATCCAGTAAAGACGGAACTAAAGGGCCGAGCTGCGCTGGGATGGCGGCCAGCCATTACTCTCCATATTTGTAAACATTCTTTATGAATACTATTTATTATTTTATGTTTGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 1 0 5' arm Catharanthus_roseus mirnest MIR169_2 0.0000000007 ath-MIR169a 0.00000000001 -54.9 ..............(((.((.((((((.(((.((((((((((((((((((((..((((....))))((((....((.((((((..................)))))).))..)))).((.((((....)))).))...)))))))))))))))))))).))).)))))).)).)))............. (-54.9)