mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATGGGACGGAGGGGGTACAA ATGCTCTTTCCGTCCCATGTT TACACGGCTAAAAGCCTAATACATGCTCTTTCCGTCCCATGTTAAGTGACTTTCTGTTACATGTATCTTAACGTTTTTAAGGCATAAATACATTCATATTTGGTCAAATTTGAGTCATGGGACGGAGGGGGTACAACAAAGTGTAAAAGCATTTT ACCCCCCTGAACAAGTGAGTTCAAAGATATTTAACAAGCGTTAAATACATCAACTACCAGCCATGGAAAGGGGTTACACGGCTAAAAGCCTAATACATGCTCTTTCCGTCCCATGTTAAGTGACTTTCTGTTACATGTATCTTAACGTTTTTAAGGCATAAATACATTCATATTTGGTCAAATTTGAGTCATGGGACGGAGGGGGTACAACAAAGTGTAAAAGCATTTTTAAGTTGCTGCAAACAATAATAAAAAACTAAACAAATTTGTTATCCGTTTAGGCAGAAGGCTATCCATTCCGCTTGTCATCAGGATGCATTTGCATAGGTACATCTAGGTGATTGTACACTGTTCTCGTCATACACCCTGAGAGAGCTTCTCACCCGGAAGCAACAGAGTTTGGAAGGTAAATACGGTGGAAATTGTTCATTCTCAAGCTCTTTCGGCAAGTAGGGCATTTCTTCTGGACCTGGATGGATTGCTTGATGCAACTTGTGCAGAAAATATGACCACATATTGTTGTGGAGGGCTCCTCCAACTTGTTCCAACACACTGGACAGGTAAATATTGGGTTCCTTCGGAGCCACCTTTGCAGGCTCTTTGGGTAGTTTTCACCGCATTTTTTGACTGCAAGCTGGACCCTTTC 3 0 3' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 2e-16 bdi-MIR1127 0.000002 -45.7 .....((((...)))).......((((((((((((((((((..((.(((((.........(((((((((((.....))))))......)))))........)))))..)).....))))))))))))))))))....(((((((....))))))) (-45.7)