mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGATACATCCATATTTGGGC CGAAATATTACATGTATCTAGA CTAAATTGTTGTCGAAATATTACATGTATCTAGACGCTTTTTAAGAATAGATACATCCATATTTGGGCAAATTTGAG GTGACCATTGTATAATTGCACAAGCTGAATACATCTACATAATACATTCTTGCCATATCTTGGCTCGGTAGTCGGTATAAACTAAATTAATGGTTTAATTGTAGTGACAGCATTTCATTTCTACTTGTTAATTAACTATTATTCCTTGGCATTCATGTACAGCGTGCTGGGATCTACACTGATGATTCTGGGACTCTATCTTGTGCTGTGGGGAAAGAAGAGAGATGAAGCATCGTCAGTATCCTGTGCTGCTAACAAGCAAGTGGTCAAGTGGATGAAGAGGGTGACAAACAGGCAGTGAAACTGTAAAAATCATGAATACACTCTTGGCTTGGGTTAATTACTGCAGCACAAAATATATGTAGAAAGTTGTTAATTAGCTGGTGCAAATTACTCCCTCCGATCCTAAATTGTTGTCGAAATATTACATGTATCTAGACGCTTTTTAAGAATAGATACATCCATATTTGGGCAAATTTGAGTCAAGAATTTAGAATCAAAGGGAGTAGAATTTAGTAAATGAGCTGCTAGCACTTACAAGTTGTAACAGCATCCTTTACTCTACAGTAGCTGCATATGGGCAATGGGGTTATTTTCTTTCAAGATACTTGGCACCATACGATTTTCGGTCACATAAATTGAACGGTAATCTAACCAAGGCGGTCGCCGCCACCGCCCGCCATGCGTCCGTCGATCGAAGATCGGGAGATCCAATTTCTTATTACTCTCCACCTGCATCGATCTTATTGGAGTACTAAAGTGA 3 1 3' arm Brachypodium_distachyon mirnest MIR1122 9e-35 bdi-MIR5183 1e-21 -16.9 .((((((..((((.((((((...(((((((((....(((...)))..)))))))))..)))))).)))))))))).. (-16.9)