mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCATAGTCATCATCATCATCA ATGAAGACGAGGACTATGACA CGGTGCAAGTTGATGAAGACGAGGACTATGACAACGAGGATTAGGCATAGTCATCATCATCATCATGTGCACTA CAACCAGATTGGCCTATGCCATACGCCATTGGAGGCATTGGTGTTGGACCATCCAGTTTTGGACATCTGACGGTGCAAGTTGATGAAGACGAGGACTATGACAACGAGGATTAGGCATAGTCATCATCATCATCATGTGCACTAACAGGACAGTTCTCCTGGTGTTGTACAATGTAAATATAGCTCCAAGTAGTTACCGGCTTACCGCAGCTGGCTGTGATATGCTGCTGATGTTAAATGCAGTTATGTAGTTGTCCTGTGTAACTTGTTTCTTTTTCCCAATAATTGCTTGTTAGTTGCCCCACATTGTTGACATAATTGACTAGGAAGTGTTCTGTCAGGTTAATTTAACCATGTATTTGCAGCAGTAATTTTCTGTTGTCCTGTTACATTGTAACTTGTAACCAACAGTAATTTTGTGTTATCATATCTTGTTGTAACCTTCAAG 4 0 3' arm Brachypodium_distachyon mirnest mir-598 0.001 100 -28.4 .((((((...((((((.((.((.(((((((...............))))))).)).)).))))))..)))))). (-28.4)