mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCATCATCATCATCATCTTAC CTGATAGAGGTGATGGTGCTG CATCAACAACCGCATCATCATCATCATCTTACGCCTCCGCCGACCACCGTACACCCTCAACTGCCACCGGTCAACCCTCCCTTCAGTCGCCGTCTGCTGCCGCAAGTCCTCCGCAGGCGTCTCCTACCGTCAGTGTTACTACTCGTCAACCGCAGGATTATTATTCGTCCGAAGAGGAGTATCAGGTCCAGCTAGCCCTAGCTTTGAGCGTGTCCAATTCGGACTCCAGAGGTGATTATTCGGATAGTGATCAGATCCGTGCGGCGAAGTTGTTGAGTTTAGGGCAGCATAATAGTGGTGGTCATGTGGCTGATAGAGGTGATGGTGCTGCTGATAAG GCCGGGGGGTCCAAACTCACCAACGAACAACAATGGAGAAGAAGAAAGGCATGAAGAACATCTTCAAGAAGCTTCACATAGGCACCAATCACGATCCAAATCGATCATCAAACGAACCACCACAATCATCAACAACCGCATCATCATCATCATCTTACGCCTCCGCCGACCACCGTACACCCTCAACTGCCACCGGTCAACCCTCCCTTCAGTCGCCGTCTGCTGCCGCAAGTCCTCCGCAGGCGTCTCCTACCGTCAGTGTTACTACTCGTCAACCGCAGGATTATTATTCGTCCGAAGAGGAGTATCAGGTCCAGCTAGCCCTAGCTTTGAGCGTGTCCAATTCGGACTCCAGAGGTGATTATTCGGATAGTGATCAGATCCGTGCGGCGAAGTTGTTGAGTTTAGGGCAGCATAATAGTGGTGGTCATGTGGCTGATAGAGGTGATGGTGCTGCTGATAAGTTGTCTCGGCAGTATTGGGATTACGGCCTCCTTGATTATGAGGAGAAAGTAGTGGACGGCTTCTATGACGTATATGGGCATTCAACAGAAACAGGGAAAATGCCATCACTGTTGGATCTTGAAACAGACGCTGGTAGTTCAGGTTTCGAAGTAATCGTAGTTAACAAAACAGTTGATCCGGCCTTAGAAGAGCTGTTGCAGGTAGCTCACTGTATTGCATTAGACTGCCCTCCTGCTGAGGTAAATCTTTTAGTGCAGAGGCTTGCTGAACTTGTGACAGAACACATGGGTGGGCCAGTGCGAGATGCTAATATCATTTTGGCAAGATGGATTGAAAGAAGCACAGAGTTGAGGACGTCTCTTCATACCAGTATATACCCTATTGGATCCTTAAGAGTTGGCTTGTCACGTCATCGCGCTTTGCTTTTTAGGTACTGGCTGAAAGTGTTGGAATAACCTGTAGGCTTGT 4 2 5' arm Helianthus_annuus mirnest 100 100 -85.2 .((((.((...(((((((((((.(((((....(((..((..((((((((...........(((((.....(((((.....((((.(((((((((((.((((((.........)).)))).....(((.....)))((((((.(((...(((...(((.........(((((((..(((...((((....(((((....))))))))).....)))..))))))))))...))).......))).)))))).))))..)).)))))))))..)))))......)))))........)))))))).)).))).))).))))))))))))))).))))... (-85.2)