mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCATCATCATCATCATCATCA ATGATGATGAGGTGAAGGCT CATAATCATCATCATCATCATCATCATCATCATATCCATAGCGATTCTCATTCGCGGGACGATATTCATCTCTTGAAATTGTAATTGACAATTTTTATTTAGGGTTAAGTTATGGCCCTGCTGCTGCTATGGAAGAAATCAGTTCCTCCCCTGGGACGTCGATTATTGTGGATTAATCATCATCATCATCATCTGTCAAGAGACTATCACTTATGCGATGATGATGATGAGGTGAAGGCTGC CATAATCATCATCATCATCATCATCATCATCATATCCATAGCGATTCTCATTCGCGGGACGATATTCATCTCTTGAAATTGTAATTGACAATTTTTATTTAGGGTTAAGTTATGGCCCTGCTGCTGCTATGGAAGAAATCAGTTCCTCCCCTGGGACGTCGATTATTGTGGATTAATCATCATCATCATCATCTGTCAAGAGACTATCACTTATGCGATGATGATGATGAGGTGAAGGCTGCTTTCGAGGGATGGGCTATTAGATATGGCAAAGTTTACAAAACCCTTGAAGAGAAGGAGCGGAGGTTTTTGCTTTTTAGAGAATGTGTCCGGTGGGTAGAAAAGCACAACAACTCCCCCGGTTCTTCTTCCAAGGTGGGACTCAACCAATTCTCCGATTACACCCCTGCAGAGTTACGCTCTTATGGTGGGGTCCTGCCAACACCATACCAAAAGCTTGTCAAGAAGATAGCATGGGAGAAACACTAATGGTCTCGCGTGGCAGTTTGGCATGGATCTTGGTCTGTGGCTGTTTGAAGACTTTTATTAAGTTATGGGTTGTTATTATGGTTACTTGGTCTGTGGGTGTTTGAAGACTTTTAATAAGTTATGGGTTGTTATTATGGTTCCGCACTTCGTATTTCAAATTACTCGTTCTGGTTTATGTCATCAAGACTTTTAACAAGTTATTGGTCGTTACTATGGCGTTACGCACTTTGTGTTTCAATTTACTCCTTGTGGTTTATGT 1 1 5' arm Helianthus_annuus mirnest 100 100 -60.5 .....((.(((((.((((((((((((((..(((((((...((((.......)))).))).((((....((((((((.((.(((((((((..(((((((.((((((((.....))))))))........)))))))......(((((......)))))))))))))).))((((.................)))).)))))))).))))...)))).))))))))))))))))))).)).... (-60.5)