mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTTCATTATTGCTCCTGACC TCAAGAGCAATAACGAAAAATG TCTTTTGGGCGGGGGTCAAGAGCAATAACGAAAAATGTTTGTTTTTCGTAAACCGTTTTTCATTATTGCTCCTGACCCCCTCTCATGGGTTATAGCCA 2 0 3' arm Mus_musculus mirbase mir-335 4e-25 mmu-mir-335 8e-51 -45.2 .....((((.((((((((.(((((((((.((((((((...((((.....)))))))))))).))))))))).)))))))).))))..(((....))). (-45.20)