mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACCGGTGGAGGAGTGAGAGT CTTCTTTCTTAGCCGGCGGT TCCAAACCCATGAGCAACTCCGGACTTCTCATCTTCTTTCTTAGCCGGCGGTGCTCCAGGCTCCACCACCGTGTCCTCCAACATTACCGTGGGTTCCAGTTCACCGGTGGAGGAGTGAGAGTGGGAAGTTTCGTACTTGTGAAGATATTGT TTTAGATCTTTAACATAATAATTCCCTCAATCATAGACAAAATGACAAATCAAACCAGTTAATAATAATTCAGAAAAAACAACAGCTTACTAAAACAGTAATTATAGAAGATAATTACTAACATAATTATTTTTAGAAACTAAAACATTACTCACTTCATAAAACCTTGAGCCATCTTAGCATAATCTCCAAACCCATGAGCAACTCCGGACTTCTCATCTTCTTTCTTAGCCGGCGGTGCTCCAGGCTCCACCACCGTGTCCTCCAACATTACCGTGGGTTCCAGTTCACCGGTGGAGGAGTGAGAGTGGGAAGTTTCGTACTTGTGAAGATATTGTTCAGCCTTTTCAAGGTACTGACCAACACCGCTCTTTTCATCGAGCTACGTATCTAGAAGCGGGT 4 1 3' arm Arabidopsis_thaliana mirnest 100 100 -37.6 ........((((((..((...(((((((((((.(((.(((((.(((((.(..(((...((.(((((....((((......))))....))))).)).))).).)))))..))))).))).))))))))))).)).)))))).......... (-37.6)