mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGAGGCTCCCCATGTTCTCA AGAGCATGGGTAACTTCTATT CTTACATTTTCTCCTAACTTTGAGAGCATGGGTAACTTCTATTTTCTGGCGGGCTCCCCTTCTGATGCTAATACGTTAAATGGGTTTGTTGCCGATGCCAGAAGAATAGAGGCTCCCCATGTTCTCACCGTTAGCAGAAAACGGGG CAGCAACGAGCAGAAGCTAGCTCAATTTTGTTTTGTAGCAGTTCTTACATTTTCTCCTAACTTTGAGAGCATGGGTAACTTCTATTTTCTGGCGGGCTCCCCTTCTGATGCTAATACGTTAAATGGGTTTGTTGCCGATGCCAGAAGAATAGAGGCTCCCCATGTTCTCACCGTTAGCAGAAAACGGGGTGTCATATCACCCGTTCTTATCTGGATAAGACCACCAGGAACCATTATCAAGTTTGCCAGCACCCCCATCACTTATTCACTCTAGTATCCGGCCTGGGATCGTTCTATTGGAGGGGATTATAGCTATTTTGGAGGATTAGTTTCTGACTACAGAACGAAATCTCGAAGTTTTGCAGCTTGTAGGCTCTGTCATGTTAAAAGAGGAAGCAATATGGAAGCTGATAGTCTTTTTAAGTTAGCTTATAATTTTGATGTGAGTAATACTGGTTGGAGGAACATCCTCACCAGATTTCTGCTCTCCTTATCTGATGTATTCTTTGTTTCCACGTGATTGGTAGTAATAAATATCAGATTCTCTTTT 3 0 3' arm Glycine_max mirnest 100 ahy-MIR3508 0.000002 -53.1 ......((((((.(((((..((((((((((((...(((((((((((((((((((.(((.((.(((((......))))))).)))......)))..)))))))).))))))))...))))))))))))..))))).))))))..... (-53.1)