mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAAGCTAGATTACCAAAGCA CTTTGGTAATATAGCTCTATG TTCAAGACTGTCAAAGCTTTTGCCTTTACTTTGGTAATATAGCTCTATGATTTTAATTAAGGATCATAAAGCTAGATTACCAAAGCAAAGAGCACTAGCA 3 0 3' arm Apis_mellifera mirbase mir-9 2e-27 ame-mir-9b 2e-45 -39.2 ...............(((..(((((((.((((((((((.(((((.(((((((((.....))))))))).))))).)))))))))).)))).)))..))). (-39.20)