mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCACCGGGTAGGATTCATCCA GATGAAATCTCGTCCGGTGTGG AATATAGAGACTGCTGTCGGATGAAATCTCGTCCGGTGTGGTTGGAAAAAAAAAACCTCACCGGGTAGGATTCATCCAATGTCCGCCTCTGTT 4 1 3' arm Apis_mellifera mirbase 100 nvi-mir-3478 0.00000007 -37.4 ...((((((.(.(.(((.(((((((.(((..(((((((.((((..........)))).)))))))..)))))))))).))).).).)))))). (-37.40)