mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGAATGTAAAGAAGTATGGAG CCGTGCTTCCTTACTTCCCATA AGCCTTGCGCAAGTTCCGTGCTTCCTTACTTCCCATAGTCATTGTAATCATATGGAATGTAAAGAAGTATGGAGCTGCGCGGGCG 4 0 3' arm Bombyx_mori mirbase mir-1 7e-36 bmo-mir-1b 2e-39 -42.52 .((((.(((((.((((((((((((.((((...(((((.............)))))...)))).))))))))))))))))))))). (-42.52)