mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATTGTACTTCATCAGGTGCTCTG GGCGCTTGTTGGAGTACACTTA CGACCGCCGCACGCCCATTGTACTTCATCAGGTGCTCTGGTGATCATAGTTCCAGGCGCTTGTTGGAGTACACTTACCGTGTCGGCGGTTA 3 1 5' arm Bombyx_mori mirbase mir-305 5e-43 ngi-mir-305 0.000000004 -49.8 .((((((((((((.....(((((((((.(((((((.((((.(((....)))))))))))))).))))))))).....)))).)))))))). (-49.80)