mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGTGAACACAGCTGGTGGTATC TGCCACGCTGTGCTCTCTCG GGGCTATCGAACGACCGGGTGCCACGCTGTGCTCTCTCGAAAATTATGGCGGAGTGAACACAGCTGGTGGTATCTCAGTTGTTCCCTAGTTC 2 2 3' arm Bombyx_mori mirbase mir-317 3e-44 tca-mir-317 0.000000004 -39.52 ((((((..(((((((.(((((((((((((((.((.(((.............))).)).))))))..)))))))).).)))))))..)))))) (-39.52)