mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCTTCCTCTTCCTCTTCCT AAGAGGAAGAGGAAAGAGGAC GGAGGCTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCCTCCTCTCGGCGGCGGCGGCGGGGGCGGGTCTCCATTTGCTCAAGCTTGCCTGCCATGCCCATGGGGACGAGGTAGCGCTTCCCTTCCTGCCTGCGGTACATACTAACTAAGCAGAGGGCATCCCTCATATATAGGCTTTGCGAAATCAATCAACAAGCTTGGGGAGGAGAAGAGGAAGAGGAAAGAGGACATGG GGAGGCTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCCTCCTCTCGGCGGCGGCGGCGGGGGCGGGTCTCCATTTGCTCAAGCTTGCCTGCCATGCCCATGGGGACGAGGTAGCGCTTCCCTTCCTGCCTGCGGTACATACTAACTAAGCAGAGGGCATCCCTCATATATAGGCTTTGCGAAATCAATCAACAAGCTTGGGGAGGAGAAGAGGAAGAGGAAAGAGGACATGGATGACCCGGGTGACGCCC 1 1 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 100 -84.5 ......((((((((((((((((((((.((((((((..((((((((((((..((((((((....))))))))..)).)))).))).(((((..(((((.(((((...)))))..)))))..(((((((........)))..)))).)))))..(((.......)))..(((.((......))..)))))).))))))))))))))))))))).)))))))..... (-84.5)