mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTCGAACCGCGGTTGTTCGA GAACTGACGCAGTTCGACATG TTTTTGGACCACCTACCCTGTCGAACTGACGCAGTTCGACATGTACCTGTCGAACTGTGGTTGTTCGATAGGTATCCCTGTCGAACCGCGGTTGTTCGACAGGGTGCTAAACTTGCGA GTCTGTTCGATATGTCCCTGCCTAGCATTGTAGTGATACTGTTCATGTAATTTTTTATTTGTTTTTGGACCACCTACCCTGTCGAACTGACGCAGTTCGACATGTACCTGTCGAACTGTGGTTGTTCGATAGGTATCCCTGTCGAACCGCGGTTGTTCGACAGGGTGCTAAACTTGCGATTTCGCCTAACTGATCTATAGTTTTGCGATTTTCCATTAAAATCATATTGTTTTTAAAAAAAATTCCTGATGAACTTCCTGACCCCACTCTCCGTGGACGACCACCGTGCCTCCTTGCGGTCTTCTCATCGCTCTCTGGTGGAGGTGATCCAGCACGCTTGAACGGGAGTGATGTCAACAATGACGTGTGTGGACATCTGATCCCCCTCCCTAT 4 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR439 7e-46 osa-MIR439i 1e-53 -55.2 .....((....)).((((((((((((...(((.((((((((.(((((((((((((.......)))))))))))))...)))))))).)))...))))))))))))((.......)).. (-55.2)