mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGATTTGTTTATTTTGGAA CCAAAATAAATGAAACTACTC TCTCTCTCTCTCTCTCTTCGTCCCAAAATAAATGAAACTACTCCAGTTAGTATGGAACGTGACATATCCCAGTACTTATCTTCAGATTCATAGTATTATGATGTGTTACATCTTGTATTAGATTTGTTTATTTTGGAATGTGAGAAATACGTTATCA CGGGCTGCAGGAATCGGCACGAGGCTCACAAATAAGTAGTACTAAGAAAGTTTTTTTTTTGTTAAAAACAAAATTGAATTGTCATTTCACGTTTATGGATGCAATGTATTTGGGCAAGACAAAGATTAGCAGCCTTGGAGAGTTGGGAAAATGTTCCAAGAATATTCTCTTTTTTTTTCCAAAATACAAAGCAGCATAAAATGTTCAATAAATTTTAAGTGGATGAAAAAGTAGTGGCAAATGTGATAAACTGATAATACATATAATTCCATACTTTTTTTAAGAAATTCCATACTTTTCATACATACTAGTCCGTCCTTTCCCTCTTATAGATTACTAGTACTACCTAGTACCACACACACTCTCTCTCTCTCTCTCTTCGTCCCAAAATAAATGAAACTACTCCAGTTAGTATGGAACGTGACATATCCCAGTACTTATCTTCAGATTCATAGTATTATGATGTGTTACATCTTGTATTAGATTTGTTTATTTTGGAATGTGAGAAATACGTTATCACGGGCACGCTTCCTAAACTCCTAAACTGTGTGATTTATGGAAAAAAACATTCTATATACAAAATTCTTATA 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 0.000002 100 -36.3 ............((((..(((.((((((((((((((.(((.((((.......))))..((((((((((..((((((.(((....)))....))))))..)))))))))).........))).)))))))))))))).))).))))............ (-36.3)