mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATGACTTACCTTGTGAAACG TTTTACAATGTAATCATTCT CTACTCCATCCGTTTTACAATGTAATCATTCTATTATTTCCTATATTCATATTGATGCTAATGAATCTAGACATATATACCTATCTAGATTCATTAGTATCCATATGAATGTGAAAAATGCTAGAATGACTTACCTTGTGAAACGGAAAAAATA TGCTTCAAATTTAACTACTCCATCCGTTTTACAATGTAATCATTCTATTATTTCCTATATTCATATTGATGCTAATGAATCTAGACATATATACCTATCTAGATTCATTAGTATCCATATGAATGTGAAAAATGCTAGAATGACTTACCTTGTGAAACGGAAAAAATAGTTTATAGACCAATATAGAAATATTTATAAACTTGGTCCAACTTGAACCCGTTTGATTTTGATTAAATTCAGAATATTTTATAACTTAAAACGGATGGAGTAATAACTGCAGTGAATTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 1 1 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 9e-46 osa-MIR808 1e-38 -62 ........((((((((((((.((((((((((((.(((((..(((((((((((.((((((((((((((((((............)))))))))))))))))).)))))))))))..))))).)))))))).)))).))))))))))))....... (-62)