mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTTGGGACAGAGGTAGTACA TACTCCCTCCATCCCAAAATG CCGATCTACTCCCTCCATCCCAAAATGTAACAACTTTTGAACGGATGGGACACATCCTAGTAATACGAATCTAGATAAGGGCCTGCACAGATTCTTAGTACTAGGTTGTCTCATCCATTCAAAAATTGCTATACTTTGGGACAGAGGTAGTACATAA GTAAAAATAGGTGACTGTTTGAATTTGAGTAAGTTGGAGACAAATGAAAAAAAAGTGACTGAAACAAAATACTCTGATCTCATGGAGTTAATCTATATGTTGGAAGTAAATGCAGATGACTGTTTGAATTTGAGTAAGTTGGAGACAGATGAAGAGGAAAAGACTGAAATAAAGCACTAAGATCTCATGGGATTAATAAGTTGGTTCTGGAAATTGTCCTTTTTCCCGAGCAAGTTTCGTGACAATTCAGTTGGTTTCCCAATTGGCTTAGTTTTTCGTATTTCAACCCTAAGTTCATTCGTCCATCCTTAATTATTCCGCATCTACCGATCTACTCCCTCCATCCCAAAATGTAACAACTTTTGAACGGATGGGACACATCCTAGTAATACGAATCTAGATAAGGGCCTGCACAGATTCTTAGTACTAGGTTGTCTCATCCATTCAAAAATTGCTATACTTTGGGACAGAGGTAGTACATAAAT 5 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-17 100 -60.2 ...((.((((.((((..(((((((.((((.(((.(((((((.((((((((((...(((((((.((.((((((................)))))).)).))))))).)))))))))).))))))).))).)))).)))))))..)))).)))).)).. (-60.2)