mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCCTTGGCTGCATCCCGTT CTAGGTGTAGCCAAGGACAGAC ATGCTCAAGAGCCAAACGCTAGAAGAAGAGAGCTAGGTGTAGCCAAGGACAGACTTGCCGGCTAACTCCAAGGCGCTTCAGCAAAGCTGAGATTCCCCCAATACCAGGAGCCGGCAAGTCATCCTTGGCTGCATCCCGTTCTCCTCCTCACAGCGCATGGCAACCCAGC TGATCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTTTTTTGCTTACAAGTTCATGCATGTCCATTGCAGAAGGAACAGCAAGATGTTGAACATGTAATGTATGCACTAATGCACATGCAGAGCTGAAGAGACATGATTCTGAGGTAATAAGTCAGTCTTTAAGCATTGCATACTTACTCATTCGTATGTATCTTGGTGGAAATCGTCGGCACAAACAAGCTACGGTACAGATGGCCCTCGAGGATGCTCAAGAGCCAAACGCTAGAAGAAGAGAGCTAGGTGTAGCCAAGGACAGACTTGCCGGCTAACTCCAAGGCGCTTCAGCAAAGCTGAGATTCCCCCAATACCAGGAGCCGGCAAGTCATCCTTGGCTGCATCCCGTTCTCCTCCTCACAGCGCATGGCAACCCAGCAGAAGCTGCCTCAGTGGTTCTACTGCATACTGAACAGTACAGGTACTCTTCCTACTTCTCTTCTTCCTTCCCCTACCATGGCTGCTTTTCTATCATGTGGTTAGATCTGCAAGCGTGCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTGGCGCTCCCAATGCAAAGACTTTATTGTGCCCCGTTACCAAAAGGCTAAATTCAGAAAACGGTAATCTTCGGGAGGGCAATAACTACATTTGATATAACTAAGAGAAAACACGTTAGTAAAAGGAAGACATCGGATATCATAAAAAAGGGAGGAAGA 3 1 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR169_2 5e-60 osa-MIR169c 7e-59 -70.2 ..........((((..((((.((.((.((((((..((((((((((((((..((((((((((((..((....((...((((((...))))))...)).........)).)))))))))))).))))))))))))))..)))))).)).))..))))..))))........ (-70.2)