mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCAATATGAATATGGGAAA TCCTAGTTCATATTAATGTT CGCGGGCCACCTTCCTAGTTCATATTAATGTTAATGAATCTAGACATATATATCTAGCTAGATTCATTAACATCAATATGAATATGGGAAAATGTAGAAT TTTCAAATACCCTCAAGCTACCACTTGGTGCTCTAATAAATTAGAGAACATATTAGAAATTCTAAGAAAAAAAGCAAATTATCTATTACTTGATTTTCACTTAAATCGGTGGGTTCAATATTATAAACCATTAGATTAAATTGATCTTAGAAGAAACTAAATACTACAAGGTCCCACCTCTCCACCTTCGATACGCACCTACGTACGCGTGGGTACCTATGCTTCCCCTCCCTTTTATCATTTTTCCCTTTCTTCTTTTCTTCATATATACGCTTCCCTCTCTTTCTTACTATATCATGCGCCTTCATGAGACGATTTAATCACAAGAATTTTGAGTATCTTGCTCTCACATTTTTAATTTGTAGCCATACTACAAGCAATATATAGTTTATTATTTACTCGAGAAAATAACATGTTTCAAAAGTCGTAAGTACTTAATCCATCTCCTACTTAAAAATTTGTGAATGGATTTTTAAGATACTTTAAGAAAAATAGAAACCTTAAATTATTATAAAATTACATTATCCGAACTTTAGTTTTCCCTTAATCTATGAGACAAAATCTTTAAACAAATAATAAAAATCTTACCTTTCAATAATATAAGTGCCCGCGCATACGCGCGGGCCACCTTCCTAGTTCATATTAATGTTAATGAATCTAGACATATATATCTAGCTAGATTCATTAACATCAATATGAATATGGGAAAATGTAGAATGACTTATATTGTGAAACGGAGGAAGTACTACTAAACTGCAGTCACACGTTTGTGCTTAATTTTTTCTTCACATTGAACTAGATTACAATGCAGGTAGTTTTCTGCAAAACAGTATTTTTTCTTTTCATCTTGGCATCATGAATGTTTAAACTAATTTGCCAGCCCTATTTATCTGCTTGAAGATGAAAAAATGCTACCACTCGTGGTTGTATAAATTAAATATATATTTTAAACTGTGACGGTTTTCTTGCTAAATAGCAAAAACAAACGCCCCCTCTGAACCTGATAATTATACACCTCCTTTTCCCCCCCAAAACAAGTTCTCCCCTTACCCAATAATTTACCCCAATACAACCCCCCCAACCAAAAATTTTAGGGGTGGGGGAAAAGAAAAAAAAAAGGGGGGGAACAGCTACTCAAAAATCTCCCGCCGGGGGGGGGGGGGAAAAAAAAAAAAAAAAGACCCCCCCCC 3 1 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 1e-25 osa-MIR808 2e-26 -34 ...((....)).((((((((((((((.((((((((((((((((...((......)).)))))))))))))))).))))))))).)))))........... (-34)