mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCAATATGAATATGGCAAA TTCCACATTCATATTGATGTT AAGATACTTCCTCCGTTTCACAATGGAAGTCATTTTAGCATTTTCCACATTCATATTGATGTTAATGAATTTAGATAGATATATATGTCTAGATATACTTAACATCAATATGAATATGGCAAATGCTAGCATGACTTATATTGTAAAACGGAGGGAGGACAT CCCACTTCTGGAGGCTTCTGCTGATAAGCGCTTTGGACAGCACGAAGAATACCGCACGTACCAGCACACTACAAGTCCTCTTATCCCACTACCACCAGCTGTGTATGGAGCCCTGCCTGGATGGTTCAGAGATGGGCTTCCTCTTCGAGCTCCCGCTCTACCATCGTGTACCGCAACGTGATCCTGTCAGCTGATGATATCAGTGATCTCTAGCGATTCTTGTGTACGATGTGTGTAGTATAAGATACTTCCTCCGTTTCACAATGGAAGTCATTTTAGCATTTTCCACATTCATATTGATGTTAATGAATTTAGATAGATATATATGTCTAGATATACTTAACATCAATATGAATATGGCAAATGCTAGCATGACTTATATTGTAAAACGGAGGGAGGACATTGTTATTGTCGATAAGTGATTTCTTTTCGCTATTGGTTATTAGGCCAGTGAAATTGTATCCAGCGTGAAACATTACGTCCCTTTCAA 2 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 3e-49 osa-MIR808 5e-47 -74.1 ......((((((((((((.((((((.(((((((.(((((((((.(((.(((((((((((((((((((.(((((((((........))))))))).)).))))))))))))))))).))).))))))))).))))))).)))))).))))))))))))..... (-74.1)