mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATTAATATGAATATGGGAAA TCTCATATTCATATTGATGCT ATCATGCTACTAATTACTTCCTCCGTTTTACAATGTAAGTCATTCTGGCATTTCTCATATTCATATTGATGCTAACGAATCTAGACATATATATCCATCTAGATTCATTAACATTAATATGAATATGGGAAATGTTAGAATGACTTACATTGTGAAACTGGAGGAAGTAGCAATTAAAAAT CCGGCGATGAGGTCGACCTCACCGAGAAGCTCGAGTTCACCGTCGTCATGAAGCGGCCGCTCAAGGCGACCGCCGTGCCGCTGCGCGGCGACCGATCGGCCGCCGTCGAGTGAACAAAGGCCTCAACGACGGCGACGGCGGCCGGCGTTTTCTCTGAATGTTGTAGCATGGCAATTAGGAAGAGAACAAGAGTAGGTCATGGCTTCTCTTTGCTAATCATGCTACTAATTACTTCCTCCGTTTTACAATGTAAGTCATTCTGGCATTTCTCATATTCATATTGATGCTAACGAATCTAGACATATATATCCATCTAGATTCATTAACATTAATATGAATATGGGAAATGTTAGAATGACTTACATTGTGAAACTGGAGGAAGTAGCAATTAAAAATGGTGATTAGATTTAAGTTCCTCTTGTTCTTTTGGGGTATTAGTAGACTGAACTAATGCTGTGCTAGTGCCTATATGTACAAATTACTATGGGGAGAACAGTTTGGTACTTCTTTCTAAAAAAAAA 0 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 5e-51 osa-MIR809d 2e-49 -89.3 ....(((((((.......(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((.(((((((((............))))))))).))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))))......... (-89.3)