mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CATCAATATGAATATAGGAAA TTTCACATTCATATTGATGTT CTTACTTCCTCCGTTTCACAATATATAAGTCATTCTACTATTTTTCACATTCATATTGATGTTAATGAATCTAAATAGATATATATGTCTAGATTCATTAACATCAATATGAATATAGGAAATGCTAAAATGACTTACATTGTGAATCGAAGGGAATACAT AAGTTCAAACATTTTTATCCCATTGTCACGCACATGCATCTTTTCTATTTAATATTAAATATGACCCATGCAACGCTCAGGTTGACAGCCAGAGGCAGTACCTGCTTACTTCCTCCGTTTCACAATATATAAGTCATTCTACTATTTTTCACATTCATATTGATGTTAATGAATCTAAATAGATATATATGTCTAGATTCATTAACATCAATATGAATATAGGAAATGCTAAAATGACTTACATTGTGAATCGAAGGGAATACATCATTAGCAAAATATTAGACACACTACTTGACATTGAAGATAGCCTCTAATTTACCTCAAAAAAGAGAGAAAAATAAGGTAGTAGCTGCTAAATAAGGTGATGTACTTCCGAGGGACAGAGTCAGCACTAACATTACTTGAGAAACTACTTCTTTGCAAAATAGGAAAGCAGTGATGCTTGTCCAACCGAAGCAGGTTTCGGGCCTTTTACCTTCTTTTTCACATGAACAGGAGATCTGCCACTCTTCTCCATCACTTTATCCGCATGAACTTCATCATCCTCGTTCTTCCTCTTCAATCTTAAAGCATCTTGTTTCTGTGTTGCTTCGTCAGTAAATATAAGGTCGTCATTCTTCATGGTTTTAGCCTTCTCGACATCATGTTCCAAAGTGATAGGTTGATCATTAAATATAGAAGCATCTTGCTCCTCTTCCACTTGGTGCTGGTACGTTTTATCCAATTGGTTTTCTGCTGATTCATGCCATTCTTTGTTTGC 3 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 2e-47 osa-MIR809d 3e-48 -59 ..((.(((((.((.((((((((...(((((((((.((.(((((((...(((((((((((((((((((((((((.(((........))).)))))))))))))))))))))))))...))))))).)).))))))))).)))))))).)).))))).))... (-59)